As coleções temáticas são um subconjunto de missões que envolvem a coleta de vários Pokémon com base em um tema específico. Versões alternativas e ex de Pokémon também contam para a conclusão, enquanto algumas são explicitamente obrigatórias (suas contrapartes ◊ não contam). Depois de concluído, você ganhará recompensas como Wonder Hourglasses, Pack Hourglasses, Shop Tickets, Emblem Tickets e, ocasionalmente, ícones.
Essas coleções podem ser encontradas no menu Missões.
Primeira escolha
Recompensa: 12 Wonder Hourglass, 2 Shop Tickets, 1 Emblem Ticket
Electabuzz e Magmar
Recompensa: 12 Wonder Hourglass, 2 Shop Tickets, 1 Emblem Ticket
Floresta Viridiana
Recompensa: 12 Wonder Hourglass, 2 Shop Tickets, 2 Emblem Tickets
Esquadrão Pidgey
Recompensa: 7 ingressos de emblema
Um dia com a família
Recompensa: 14 ingressos de emblema
Pokémon dos tempos antigos
Recompensa: 20 ingressos de emblema
O Voo Lendário
Recompensa: 17 ingressos de emblema
Poder triplo
Recompensa: 12 ingressos de emblema
Um grande incômodo com Snorlax
Recompensa: 14 ingressos de emblema
Visitando a região de Kanto
Recompensa: 24 ampulhetas maravilhosas, 3 ingressos de loja, 4 ingressos de emblema
Os líderes de ginásio da região de Kanto
Recompensa: 34 ampulhetas maravilhosas, 3 ingressos de loja, 5 ingressos de emblema
Jornadas diferentes, crescimento diferente
Recompensa: 22 ingressos de emblema
Zona Safári
Recompensa: 12 ingressos de emblema
Jornadas diferentes, crescimento diferente
Recompensa: 22 ingressos de emblema
Pokémon Super Expresso
Recompensa: 13 ingressos de emblema
Colete 3 cartas de eletrodo
Recompensa: Ícone do Eletrodo 
Colete 5 cartas Gardevoir
Recompensa: Ícone Gardevoir 
Colete 5 cartas Charizard
Recompensa: Ícone Charizard 
Colete 5 cartas Mewtwo
Recompensa: Ícone Mewtwo
Missões Secretas
O Líder de Ginásio da Região Kanto 2
Recompensa: 48 ampulhetas maravilhosas, 12 pacotes de ampulhetas, 10 ingressos para loja
Museu Genético Apex 1 (Charizard)
Recompensa: 36 ampulhetas maravilhosas, 12 pacotes de ampulhetas, 10 ingressos para loja
Museu Genético Apex 2 (Mewtwo)
Recompensa: 36 ampulhetas maravilhosas, 12 pacotes de ampulhetas, 10 ingressos para loja
Museu Genético Apex 3 (Pikachu)
Recompensa: 36 ampulhetas maravilhosas, 12 pacotes de ampulhetas, 10 ingressos para loja
O vôo lendário continua
Recompensa: 48 Ampulhetas Maravilhas, 12 Pacotes de Ampulhetas, Emblema de Pássaros Lendários 
Complete the Kanto Pokédex!
Recompensa: Mew
O Imersivo 4
Recompensa: 48 ampulhetas maravilhosas, 12 pacotes de ampulhetas, 20 ingressos para loja
